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张永振等人还讨论新冠病毒目前的基因演化。新冠病毒是一种RNA病毒,相对容易发生突变,很明显病毒基因组未来会出现更多的突变,这也会帮助追踪新冠病毒的传播。“然而,随着疫情的增长,我们的序列样本量相对于病例总数可能会非常小,以至于很难追踪明确的人际传播链。”

此外,新冠病毒和RaTG13的受体结合域(RBD)也只有85%的相似性,并且在6个关键氨基酸残基中只有一个是相同的。序列和结构的比较表明,新冠病毒的RBD非常适合与人类ACE2受体结合,SARS-CoV也利用了该受体。

上述推测结论来自两位病毒学专家:澳大利亚悉尼大学玛丽·巴希尔传染病和生物安全研究所的爱德华·霍尔姆斯(Edward C. Holmes)教授,以及中国疾控中心(CDC)传染病预防控制所研究员、复旦大学附属上海市公共卫生临床中心兼职教授张永振。当地时间3月26日,这两位“老搭档”联合在顶级学术期刊《细胞》(CELL)上发表了一篇评论“A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2”。

根据中国国家卫健委4月1日最新通报,截至3月31日24时,据31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告,累计确诊病例81554例,累计收到港澳台地区通报确诊病例1077例。全国累计确诊82631例。

全市有15个区已连续14天以上无本地报告新增确诊病例,具体为平谷区自有疫情以来无报告病例、延庆区65天、门头沟区55天、怀柔区51天、顺义区49天、密云区46天、石景山区44天、大兴区44天、房山区41天、昌平区40天、西城区38天、通州区38天、丰台区25天、朝阳区24天、东城区22天。

具体来说,这种新型病毒在人群中出现的时间可能比设想的更早,甚至不一定是最早出现在武汉,但由于无症状感染现象而未被检测到。病毒在人传人过程中逐步演化出了关键突变,可能包括上述的RBD和福林酶切位点插入,从而变得完全适应于人类。“直到发生了更多的肺炎病例,我们才能够通过常规监测系统发现COVID-19。”

张永振等人表示,虽然SARS-CoV和MERS-CoV都与新冠病毒密切相关,并且都有蝙蝠宿主,但是这些病毒之间的生物学差异是惊人的。“如上所述,新冠病毒的传染性明显更强,导致它与SARS-CoV和MERS-CoV的流行病学动态非常不同。”

作者们提到,尽管回顾性分析已经确认在中国湖北武汉有患者早在2019年12月1日就出现了症状,但第一例新型肺炎(COVID-19)报告是在2019年12月下旬。

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作者们认为,这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化。虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异(序列相似性大约72%),但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近(核苷酸序列相似性大约97%)。