长春市传染病医院战“疫”梯队“换防”
来源:长春市传染病医院战“疫”梯队“换防”发稿时间:2020-03-30 12:07:16


(△弗朗西斯·柯林斯 美国国立卫生研究院院长)

此前的观察显示,第一批报告的COVID-19病例和武汉的华南海鲜野生动物市场有关联。值得一提的是,张永振、霍尔姆斯等人曾在2014年亲身探访过该市场,霍尔姆斯提供的一张照片显示,当时该市场即出售野生动物。

另外,尽管冠状病毒的突变率可能比其他RNA病毒要低,但它们的长期核苷酸替换率与其他RNA病毒相同。这表明,较低的突变率在一定程度上由病毒在宿主体内的高复制率弥补了。

值得注意的是,由霍尔姆斯参与的另一项最近发表在预印本网站bioRxiv上的研究显示,中国科学院西双版纳热带植物园去年在云南的马来菊头蝠中采集到的粪便样本中新发现了一种蝙蝠冠状病毒(RmYN02)。RmYN02中也观察到S1/S2裂解位点PAA氨基酸的独立插入。

最早的基因组序列数据清楚地表明,新冠病毒是β冠状病毒属成员,属于其中一个亚属Sarbecovirus属。初步分析显示,新冠病毒与SARS-CoV在核苷酸水平上的相似度为79%。不过,新冠病毒和SARS-CoV在刺突蛋白(S蛋白,与宿主细胞受体相互作用的关键表面糖蛋白)上仅表现出72%的核苷酸序列相似性。

截至作者们撰写这篇文章,已经有近200个新冠病毒基因组公开可用,“代表了该病毒在中国及其它地区的基因组多样性,并提供了一个可自由获取的全球资源。”这些新冠病毒基因组序列数据的发布对诊断测试、疫苗和抗病毒药物的开发来说都至关重要。

在此次疫情尚不为外界警觉时,即2019年12月26日,张永振、霍尔姆斯等人获得了武汉中心医院一名患者的病毒样本。1月5日凌晨,研究团队从样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒,通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列(GenBank:MN908947),并立即报告了相关部门。1月11日,研究团队在病毒学网站(virological.org)发布了所获得的新型冠状病毒全基因组序列,系全球最早公布该病毒序列的团队。

武汉华南海鲜市场的起源不确定性:几年前探访过市场

值得注意的是,作者们在文章中提及,基于他们过于研究冠状病毒的经验,除了在动物宿主中发生演化外,早在2019年12月之前,病毒可能已经在在人群“隐秘传播”(cryptic spread)阶段发生了一些关键突变。

而对于新冠肺炎病毒的来源,柯林斯提出了两种构想: